.NET Bio

.NET Bio
Type Bibliotek for Bioinformatik og Genomik
Forfatter Microsoft Research
Udvikler Outercurve Foundation
Skrevet i C#
Operativ system Linux , macOS , Windows
Hardware platform .NET Framework , Mono
Licens Apache-licens 2.0
Internet side research.microsoft.com/en-US/projects/bio/mbf.aspx

.NET Bio  er et open source bioinformatik- og genomikbibliotek designet til at lette indlæsning, lagring og analyse af biologiske data. Det blev udviklet til .NET Standard 2.0 og var oprindeligt en del af Microsoft Biology Initiative i eScience-divisionen.

Historie

.NET Bio blev oprindeligt udgivet af Microsoft Research under navnet Microsoft Biology Foundation (MBF) og senere genudgivet af nonprofitorganisationen Outercurve Foundation som open source-software under Apache License 2.0 [1] .

Funktioner

Biblioteket består af et sæt objektorienterede klasser skrevet i C# til at udføre almindelige bioinformatiske opgaver såsom:

  1. Læsning og skrivning af sekvensjusterede genetiske datafiler såsom FASTA og GenBank .
  2. Adgang til onlinetjenester såsom NCBI BLAST for at søge efter sekvensfragmenter i eksisterende databaser.
  3. Algoritmer til lokale og globale tilpasninger.
  4. Sekvenssamlingsalgoritmer , herunder en parallel implementering af DeNovo assembler [ 2] .

Selvom selve biblioteket er skrevet i C# , kan det bruges fra ethvert .NET -kompatibelt sprog og indeholder forskellige brugseksempler, inklusive dem fra IronPython- scripts .

Se også

Noter

  1. ↑ MBF bliver .NET Bio  (eng.)  (downlink) (18. oktober 2011). Arkiveret fra originalen den 18. oktober 2011.
  2. ↑ PadeNA: En parallel de novo assembler . — ISBN 978-989-8425-36-2 .

Links