Molekylær immunologi er en videnskabelig disciplin, der studerer det kemiske, biokemiske og molekylærbiologiske grundlag for immunreaktioner . Baseret på proteinkemi, generel biokemi og molekylærbiologi. Dens metoder bruges i studiet af proteiners struktur og funktion, i molekylær genetik. Undersøger på molekylært niveau antistoffers struktur og funktion , komplementerer kemi.