Modellering af biologiske systemer er en retning i biologisk modellering, nemlig processen med at skabe modeller af biologiske systemer med deres karakteristiske egenskaber. Ethvert biologisk system kan blive et objekt for modellering . Biologisk modellering er en vigtig opgave i systemer og matematisk biologi. Biologiske computersystemer er rettet mod udvikling og brug af effektive algoritmer, datastrukturer, visualiserings- og kommunikationsværktøjer til computermodellering af biologiske systemer. Dette involverer brugen af computersimuleringer af biologiske systemer, herunder både cellulære undersystemer (for eksempel netværk af metabolitter og enzymer, der indeholder metabolisme, signalveje og genregulerende netværk) og analyse og visualisering af de komplekse forbindelser af disse cellulære processer. Kunstigt liv eller virtuel evolution forsøger at forstå evolutionære processer gennem computersimuleringer af simple livsformer.
Det er klart, at den uventede forekomst af en egenskab i et komplekst system er resultatet af kausale interaktioner mellem simple og komplekse dele. Biologiske systemer udviser talrige vigtige eksempler på dannelsen af egenskaber i den komplekse interaktion mellem komponenter. Den traditionelle undersøgelse af biologiske systemer involverer genoprettende metoder, hvor data indsamles i kategorier såsom koncentration over tid som reaktion på en bestemt stimulus. Computere er afgørende for analyse og modellering af disse data. Målet er at skabe realtidsmodeller af systemer i henhold til omgivelserne og interne stimuli, såsom en cancercellemodel til at finde svagheder i dens signalveje, eller en ionkanalmutationsmodel for at se virkningerne på kardiomyocytter. og til gengæld , hjertets værk.