Zymografi er en elektroforetisk teknik baseret på SDS-PAGE , der involverer substratcopolymerisation med en polyacrylamidgel for at påvise enzymatisk aktivitet. Prøver fremstilles i standard SDS-PAGE buffer, men uden kogning og uden reduktionsmiddel. Efter elektroforese fjernes SDS fra gelen (eller zymogrammet ) ved ældning i ubuffret Triton X-100efterfulgt af udsættelse for en passende fordøjelsesbuffer i et optimalt tidsrum ved 37 °C. Derefter farves zymogrammet (normalt Amide Black og Coomassie Brilliant Blue), og hvor substratet er blevet spaltet af enzymet, fremstår spaltningsområder som tydelige striber mod en mørkfarvet baggrund. Disse protokoller har dog brug for stærke justeringer. For eksempel overlever D. melanogaster fordøjelsesglycosidase under reducerede betingelser (dvs. i nærværelse af 2-mercaptoethanol eller DTT) og volumetrisk opvarmning.
Adskillelse ved yderligere opvarmning til 50°C fører faktisk til en klar stigning i opløsningen af båndene uden væsentligt tab af aktiviteter.
Gelatine er det mest almindeligt anvendte substrat og kan være nyttigt til at demonstrere aktiviteten af gelatine-nedbrydende proteaser, men zymografi kan anvendes på en lang række enzymer, herunder xylanaser, proteaser, lipaser, chitanaser osv.
Den generelle protokol, der tidligere blev brugt til zymografi af alfa-amylase-aktiviteter, er blevet kaldt WW Doane-protokollen for tyndt stivelseslag. Under denne protokol blev en initial PAGE-gel kørt for at adskille proteinerne i homogenatet. Derefter blev en tynd gel med stivelse opløst i den (eller mere præcist suspenderet) dækket ovenpå med den originale gel i et stykke tid. Stivelse blev farvet med Lugols opløsning.
Omvendt zymografi copolymeriserer både substratet og enzymet med akrylamid, og dette er nyttigt til at demonstrere enzymhæmmeraktivitet . Ved efterfølgende farvning visualiseres inhiberingssteder som mørke pletter på en klar (eller lysfarvet) baggrund.