Vandtransport i Guangzhou er veludviklet. Før udviklingen af jernbane- og lufttransport var levering af varer ad vandvejen den eneste tilgængelige måde for handel mellem lande. Guangzhou har været landets vigtigste handelshavn i årtier. Passagertransport ad vandvejen er også udviklet. Før et stort antal broer blev bygget over Zhemchuzhnaya-floden, før udviklingen af metroen, var det ofte kun ad vandvejen, at beboerne kunne krydse til den anden side. I øjeblikket er der 3 hovedtyper af vandpassagertransport i byen - sightseeing, færge og flodsporvogne. Færgerne og vandvognene ejes af den samme operatør, Guangzhou Liner Company, som har eksisteret siden 1952. I alt sejler 51 skibe dagligt på 14 linjer med en samlet længde på 58,8 kilometer, der forbinder 27 passagerterminaler (35 sengepladser i alt). Mange lystbådehavne ligger i gåafstand fra Guangzhou MRT-stationer. Et stort antal køjer er blevet repareret, på- og afstigning fra skibe er sikkert og bekvemt.
Færgen er stadig populær blandt lokalbefolkningen, men er ikke interessant for turister, da færger kun krydser floden og har 2-4 stop i den ene del af byen. Prisen er 1 yuan. Færger sejler i dagtimerne med en frekvens på omkring 40 minutter.
Denne type transport er blevet udviklet i de senere år. Flodsporvognen er populær blandt lokalbefolkningen som offentlig transport og underholdning, og den vil være interessant for turister på grund af den meget lave pris. Der er 2 klasser på flodsporvogne - 2. klasses billetpris vil koste 2 eller 3 yuan (afhængigt af ruten), men du kører på det nederste dæk. Rejser på det øverste turistdæk vil koste 5 yuan for en enkeltrejse eller 10 yuan for en rundtur. Ruterne krydser delvist og dækker næsten hele Zhemchuzhnaya-flodens løb inden for byens grænser. Marinaer er ofte ikke godt integreret i byinfrastruktur og kan være svære at finde. Skibe sejler i dagtimerne med en frekvens på omkring 30 minutter.
Denne type transport har udviklet sig meget aktivt i de senere år. Operatører er forskellige private virksomheder, der har deres egne ruter rundt i byen, der dækker et lille område af byens centrum. På grund af den høje pris kan den anbefales til velhavende turister. Frokost er ofte inkluderet i billetprisen, men kvaliteten af maden lader meget tilbage at ønske.