Deltagelsen af den moderne stat Idahos territorium i borgerkrigen var meget svag på grund af disse steders afsides beliggenhed fra fjendtlighedernes vigtigste teatre.
Ved udbruddet af borgerkrigen var landene i det nuværende Idaho en del af Washington-territoriet . I marts 1863 blev Idaho-territoriet skåret ud af det . På grund af den kendsgerning, at der i den østlige del af landets lande var mange mennesker, der sympatiserede med konføderationen , tog Sydney Egerton hurtigt til præsident Lincoln for at informere ham om situationen, og allerede i 1864 blev den østlige del af Idaho-territoriet adskilt i et separat Montana-territoriet . Denne opdeling bidrog i høj grad til inddragelsen af Idaho-territoriet, som bestod af det nuværende Wyoming, i Dakota-territoriet. [en]
Frivillige, der tjente i Idaho, kæmpede ikke mod konføderationen, men bevogtede Oregon Way og beskyttede kommunikationen mellem de østlige og vestlige dele af USA. På grund af det faktum, at dele af den regulære hær gik i krig, var det de frivillige, der måtte bære hovedparten af begyndelsen af krigen med indianerne , der begyndte i 1864 . Fort Boise, der ligger på byen Boises område, blev grundlagt den 3. juli 1863. Det gamle Boise Fort, nær den moderne by Parma, var en fransk post bygget i 1834 (deraf navnet Boise).Det blev slået sammen med Snake River Fort i 1854, selvom franskmændene begyndte at genopbygge det, blev det senere forladt. Mange var forvirrede over tilstedeværelsen af to forter med samme navn.
Der er fundet guld i Orofino og Firenze, begge i Idaho. Dette førte til problemer med den venlige Nez Perce-stamme. Camp Lapway, senere til Fort Lapway, blev grundlagt for at sikre fred mellem indianerne og minearbejderne.
Bear River-massakren fandt sted den 29. januar 1863 på stedet for den foreslåede grænse mellem Washington Territory og Utah Territory nær den nuværende by Preston , Franklin County , Idaho. På denne dag ødelagde 300 soldater fra 3rd California Volunteer Infantry Regiment, under kommando af oberst Patrick Connor , lejren, der talte mindst 250 medlemmer af Shoshone- stammen . Kun omkring tyve Shoshone overlevede. Dette var som svar på talrige angreb på hvide bosættere i det foregående år af krigen, som blev beskyldt på medlemmer af Shoshone-stammen. Hændelsen fik ringe dækning uden for Californien og Utah, da de fleste aviser var optaget af nyheder fra de to hovedfronter. Stedet for Bare River-massakren er i dag et amerikansk nationalt historisk vartegn . [2] [3] [4]
Der var nogle sydlændinge i Idaho på det tidspunkt. De fleste af dem flyttede oprindeligt til Californien og kom til Idaho med det formål at udvinde guld fra miner. [5]
I løbet af de første år af borgerkrigen havde Oregon og Californiens frivillige patruljer adskillige træfninger med Paiute- , Bannock- og Shoshone-banderne, samlet kendt som Snake Indians. Dette skete i Oregon, Utah, Nevada og Washington Territory (senere Idaho). En invasion af minearbejdere i indisk territorium kaldet Silver City i 1863 markerede begyndelsen på Snake Indian War. De frivillige kæmpede mod indianerne, indtil de blev befriet af forbundstropper i slutningen af 1865. Krigen fortsatte indtil 1868.
Efter borgerkrigen tiltrak Idaho mange veteraner fra United Army, herunder adskillige guvernører. Idaho Soldiers' Home blev bygget i 1890'erne. I det tyvende århundrede var veteraners død hyppige lokale nyheder. Den sidste borgerkrigsveteran, der døde i Idaho, var Israel Broadsworth, som døde i 1952. [6]
Efter krigen slog mange veteraner fra den nordlige hær sig ned i Idaho, hvoraf nogle endda senere blev guvernører.