Florida blev en af de første stater til at løsrive sig fra Unionen og slutte sig til konføderationen . Umiddelbart efter Abraham Lincolns valg som præsident i 1860 erklærede Florida løsrivelse (10. januar 1861) og blev dermed den tredje af de oprindelige syv stater, der løsrev sig.
I 1860 havde Florida en befolkning på 140.421 og blev rangeret som nummer 31 målt i befolkning [1] , og den kampklare befolkning var 15.739 mennesker (11% af befolkningen) [2] .
På grund af den sparsomme befolkning hjalp Florida den konfødererede hær ikke så meget med mandskab som med mad og udstyr. Statens lange kystlinje gjorde det vanskeligt for den føderale flåde at bekæmpe Floridas blokadebrydere.
Florida erklærede løsrivelse den 10. januar 1861 og blev omkring en måned senere et af de første ledende medlemmer af konføderationen. Beslutningen om løsrivelse blev vedtaget næsten enstemmigt med en stemme på 62 mod 7, og alligevel blev der dannet et vist antal unionstilhængere i staten, hvis antal voksede, efterhånden som krigen fortsatte.
Florida sendte en delegation af tre repræsentanter til den provisoriske konfødererede kongres i Montgomery, Alabama, de var Jackson Morton, James Byerham Owens og James Patton Anderson . Sidstnævnte blev trukket tilbage den 8. april 1861 og erstattet af George Tagliaferro Varda. Ward tjente som repræsentant fra maj 1861 til februar 1862, hvor han også blev tilbagekaldt og erstattet af John Paise Sanderson.
Florida blev en vigtig forsyningskilde for den konfødererede hær. Føderale tropper erobrede mange vigtige havne: Cedar Cay, Jacksonville , Key West og Pensacola . Den konfødererede hær måtte kæmpe dem tilbage, og det lykkedes med undtagelse af to: Fort Taylor og Fort Pickens forblev i fjendens hænder.
Guvernør John Milton, en ivrig tilhænger af løsrivelse, har altid understreget vigtigheden af Florida som en kilde til fødevareforsyning til konføderationen, primært kød og salt. Kystlinjen 13.00 miles lang tillod blokadens udbrydere effektivt at gemme sig. Florida var imidlertid den tyndest befolkede stat i konføderationen - kun 140.000 mennesker - og næsten blottet for industri, så dens strategiske betydning var ikke stor. Alligevel styrkede Milton statsmilitsen så meget som muligt og forbedrede kystbefæstningerne.
I alt forsynede staten Konføderationen med omkring 15.000 soldater, som blev konsolideret i tolv regimenter af infanteri, to kavaleri og flere batterier af artilleri. Disse regimenter tjente primært i Virginia som en del af Army of the North Virginia , under kommando af brigadegeneral Edward Perry og oberst David Lang . Florida Brigade deltog i mange af General Lees kampagner. Perry blev såret ved Chancellorsville , og oberst Lang kommanderede Floridianerne under Gettysburg-kampagnen (med Richard Andersons division ). Perry kommanderede senere en brigade i slaget ved ørkenen og under belejringen af Petersborg.
Utilfredshed med udkastet og intern politik førte til deserteringer fra rækken af den konfødererede hær, og en række områder af Florida blev et tilflugtssted for desertører, hvoraf nogle forenede sig i bander og engagerede sig i røveri, og nogle gik endda over til siden af nordboerne.
I begyndelsen af 1864 forsøgte nordboerne at invadere Florida, men blev slået tilbage i slaget ved Olustee . På grund af manglen på større militær betydning i Florida, blev der ikke foretaget større invasionsforsøg, og små razziaer blev med succes slået tilbage af lokale styrker.
I maj 1865 blev en division løsrevet under kommando af Edward McCook for at genoprette den føderale kontrol over Florida Guvernør Milton valgte selvmord frem for overgivelse, og den 13. maj 1865 overgav George Washington Scott sig til med de sidste tilbageværende konfødererede tropper i Florida. Den 20. maj læste McCook ved en ceremoni i Tallahassee præsident Lincolns " Emancipation Proclamation " og forbød således officielt slaveri i Florida, og det amerikanske flag blev hejst over Capitol-bygningen.
Floridas repræsentanter blev optaget i den amerikanske kongres, efter at staten opfyldte alle " genopbygnings "-krav. Staten blev fuldt genindført i USA den 25. juli 1868.