Santa Apolónia Station ( havn. Santa Apolónia ) er en banegård i byen Lissabon ( Portugal ).
Santa Apolonia er den ældste banegård i Lissabon, åbnet den 1. maj 1865 . Det er beliggende mellem det historiske distrikt Alfama på skråningen af bakken St. George og Tejo-floden . Efter færdiggørelsen af Rossio-stationen i 1890 mistede den sin betydning som Lissabons hovedstation; efter reorganiseringen af byens jernbanenet i midten af det 20. århundrede blev det dog igen de facto hovedstation i Portugals hovedstad.
I dag følger de fleste langdistancetog, der ankommer til Lissabon, den nordøstlige linje, hvorpå den moderne Oriente-station , bygget i 1998, 6,5 km fra Santa Apolonia. Men de fleste tog, efter at have holdt et stop ved Orienti, ankommer til Santa Apolonia station.