Mikrokoknuklease er et enzym, hvis hovedegenskab er evnen til at bryde den primære struktur af nukleinsyrer, især DNA , i områderne mellem nukleosomerne .
Med andre ord adskiller mikrokoknuklease nukleosomer fra hinanden, ødelægger DNA-regionen, der forbinder dem, men påvirker ikke DNA-regionen direkte forbundet med histonproteiner .
Mikrokoknukleasepræparater bruges i molekylærbiologi til at studere kromosomale DNA-molekyler.