Coomassie

Den aktuelle version af siden er endnu ikke blevet gennemgået af erfarne bidragydere og kan afvige væsentligt fra den version , der blev gennemgået den 30. august 2016; checks kræver 14 redigeringer .
Coomassie Brilliant Blue
Generel
Traditionelle navne CI 42660, CI Acid Blue 83
Brilliant indocyanin 6B, Brilliantindocyanin 6B
Brilliant Cyanine 6B, Serva Blue R
Chem. formel C 45 H 44 N 3 NaO 7 S 2 (natriumsalt)
Fysiske egenskaber
Molar masse 825,97 g/ mol
Kemiske egenskaber
Opløselighed
 • i vand uopløseligt i koldt vand, lidt opløseligt i varmt vand, opløseligt i ethanol
Klassifikation
Reg. CAS nummer 6104-59-2
PubChem 61365
Reg. EINECS nummer 228-060-5
SMIL   [ http://chemapps.stolaf.edu/jmol/jmol.php?model=CCN%28CC1%3DCC%28%3DCC%3DC1%29S%28%3DO%29%28%3DO%29%5BO-%5D% 29C2%3DCC%3DC%28C%3DC2%29C%28%3DC3C%3DCC%28%3D%5BN%2B%5D%28CC%29CC4%3DCC%28%3D%0ACC%3DC4%29S%28%3DO%29% 28%3DO%29%5BO-%5D%29C%3DC3%29C5%3DCC%3DC%28C%3DC5%29NC6%3DCC%3DC%28C%3DC6%29OCC.%5BNa%2B%5D CCN(CC1=CC(= CC=C1)S(=O)(=O)[O-])C2=CC=C(C=C2)C(=C3C=CC(=[N+](CC)CC4=CC(= CC=C4) )S(=O)(=O)[O-])C=C3)C5=CC=C(C=C5)NC6=CC=C(C=C6)OCC.[Na+]]
InChI   InChI=1S/C45H45N3O7S2.Na/c1-4-47(31-33-9-7-11-43(29-33)56(49.50)51)40-23-15-36(16-24- 40) 45(35-13-19-38(20-14-35)46-39-21-27-42(28-22-39)55-6-3)37-17-25-41(26- 18- 37)48(5-2)32-34-10-8-12-44(30-34)57(52.53)54;/h7-30H,4-6.31-32H2,1-3H3,(H2,49, 50,51,52,53,54);/q;+1/p-1NKLPQNGYXWVELD-UHFFFAOYSA-M
ChemSpider 55296
Sikkerhed
Kort karakter. fare (H) H201 , H202 , H235+H410
Forebyggende foranstaltninger. (P) P201
GHS piktogrammer Piktogram "Gascylinder" af CGS-systemetPiktogram "eksploderende bombe" af CGS-systemet
NFPA 704 NFPA 704 firfarvet diamant 0 0 0
Data er baseret på standardbetingelser (25 °C, 100 kPa), medmindre andet er angivet.
 Mediefiler på Wikimedia Commons

Coomassie Brilliant Blue er navnet på to nært beslægtede triphenylmethanfarvestoffer udviklet til tekstilindustrien, men nu meget brugt i analytisk biokemi til farvning af proteiner. Coomassie Brilliant Blue G-250 adskiller sig fra R-250 ved at have to methylgrupper. Navnet "Coomassie" er et registreret varemærke tilhørende Imperial Chemical Industries .

Navn og opdagelseshistorie

Navnet Coomassie blev registreret i slutningen af ​​det 19. århundrede som et varemærke af Blackley Company for uldfarver. [1] I 1896, under den fjerde anglo-ashantikrig , besatte britiske tropper byen Coomassie (nu Kumasi i Ghana ). I 1918 blev Levinstein Ltd, ejer af Coomassie-varemærket, en del af British Dyestuffs, som blev overtaget af Imperial Chemical Industries i 1926. [2] Imperial Chemical Industries producerer i øjeblikket ikke farvestoffer, men forbliver ejeren af ​​Coomassie-varemærket.

Blå farvestoffer baseret på svovlderivater af triphenylmethan blev først opnået i 1913 af Max Weiler, som arbejdede i byen Wuppertal (Tyskland). [3] [4] [5] [6]

Artikler i biokemiske tidsskrifter præciserer ofte ikke præcist, hvilket "Coomassie" farvestof der blev brugt. En :Color Index Internationals liste over farver indeholder mere end 40 farvestoffer, der indeholder udtrykket "Coomassie" i navnet. Merck Index (10. udgave) Coomassie Blue RL (Acid Blue 92, CI 13390) har en helt anden struktur.

Farvefarve

Suffikset "R" i navnet på farvestoffet Coomassie Brilliant Blue R-250 er en forkortelse for ordet Rød (rød), da farvestoffets blå farve har en let rødlig nuance. Farvevarianten med suffikset "G" har en let grønlig nuance. Tallene "250" betegnede farvestoffets renhed.

Farven på farvestoffer afhænger af surhedsgraden af ​​mediet. Farvestof "G" er blevet undersøgt i detaljer. [7] Ved pH under 0 har farvestoffet en rød farve og et absorptionsmaksimum ved en længde på 470 nm. Ved en pH på ca. 1 er farvestoffet grønt, og absorptionsmaksimum er 620 nm. Over pH 2 er farvestoffet lyseblåt med et absorptionsmaksimum på 595. Ved pH 7 har farvestoffet en molær ekstinktionskoefficient på 43.000 M −1 cm −1 . [7]

En ændring i opløsningens farve svarer til en ændring i ladningen af ​​farvestofmolekylet. I den røde form er de tre nitrogenatomer positivt ladede. De to svovlsyrerester har en meget lav pKa og er derfor normalt negativt ladet, så ved pH tæt på nul er farvestoffet en kation med en nettoladning på +1. Grøn farve svarer til et uladet molekyle. Ved pH 7 har kun nitrogenatomet i diphenylamin en positiv ladning, så molekylet som helhed er en anion med en total ladning på -1. De pKa-værdier , der kræves for at miste to protoner, er 1,15 og 1,82. Den sidste proton løsnes i et alkalisk medium, og molekylet får en lyserød farve ( pK a 12,4). [7]

Farvestoffer danner et kompleks med anioniske detergenter, såsom natriumlaurylsulfat . [8] Dannelsen af ​​et sådant kompleks stabiliserer den grønne farve af farvestoffets neutrale form. Denne effekt kan påvirke koncentrationsbestemmelsen ved brug af Bradford-metoden . Det er sandsynligt, at anioniske detergenter konkurrerer med farvestoffet om proteinbinding.

Brug i biokemi

Coomassie Brilliant Blue R-250 blev brugt til at farve proteiner i 1964 [9] . Proteinprøver blev adskilt ved elektroforese på en celluloseacetatplade . Arket blev anbragt i sulfosalicylsyre for at fiksere proteinerne og derefter overført til farveopløsningen.

I 1965 blev Coomassie Brilliant Blue R-250 brugt til at farve proteiner efter polyacrylamidgelelektroforetisk adskillelse [10] . Gelen blev anbragt i en farveopløsning indeholdende methanol, eddikesyre og vand. Efter proteinfarvning skulle polyacrylamidgelen (PAAG) vaskes elektroforetisk. Det blev yderligere vist, at gelen kan vaskes med en eddikesyreopløsning.

Farvestoffet "G" blev første gang brugt til at visualisere proteiner i en polyacrylamidgel i 1967 , da farvestoffet blev opløst i en opløsning af eddikesyre med methanol [11] .

Senere blev det vist, at proteinbånd kan farves uden kolloidt farvestof "G", i trichloreddikesyreopløsning uden methanol. Brugen af ​​denne protokol kræver ikke vask af gelen [12] .

Moderne protokoller bruger den kolloide form af farvestoffet "G" i en opløsning indeholdende fosforsyre, ethanol (eller methanol) og ammoniumsulfat [13] [14] [15] [16] .

Bradford-metoden bruger de spektrale egenskaber af Coomassie Brilliant Blue G-250 til at bestemme mængden af ​​protein i opløsning [17] . For at gøre dette tilsættes en farvestofopløsning i phosphorsyre og ethanol til proteinprøven. Under sure forhold er farvestoffet brunt, men når det bindes til protein, bliver det blåt. Opløsningens optiske absorption måles ved en bølgelængde på 595 nm.

Binding af et protein til en negativt ladet Coomassie Brilliant Blue G-250 giver en negativ ladning til proteinet, som kan bruges til at adskille proteinblandinger i PAAG under ikke-denaturerende betingelser ved brug af Blue Native PAGE-metoden [18] [19] .

Mobiliteten af ​​komplekset i en polyacrylamidgel afhænger af størrelsen af ​​proteinet, proteinkomplekset og mængden af ​​farvestof bundet til proteinet.

Se også

Noter

  1. ↑ Fox, MR Dye-makers of Great Britain 1856-1976: A History of Chemists, Companies, Products and  Changes . - Manchester: Imperial Chemical Industries, 1987. - S. 38.
  2. ↑ Fox, MR Dye-makers of Great Britain 1856-1976: A History of Chemists, Companies, Products and  Changes . - Manchester: Imperial Chemical Industries, 1987. - S. 259.
  3. ↑ Farveindeks  (ubestemt) . — 3. - Bradford: Society of Dyers and Colourists, 1971. - V. 4. - S. 4397-4398. Arkiveret kopi (ikke tilgængeligt link) . Dato for adgang: 27. maj 2013. Arkiveret fra originalen 19. juli 2011. 
  4. ↑ , "Procédé de production de colorants de la série du triarylméthane", FR patent 474260 , udstedt 1915-02-16
  5. ↑ Weiler, Max, "Blue Triphenylmethane Dye", US patent 1218232 , udstedt 1917-03-06
  6. ↑ , "Fremstilling af triarylmethan-farvestoffer", GB patent 275609 , udstedt 1927-11-03
  7. ↑ 1 2 3 Chial, HJ; Thompson, HB; Splittgerber, AG En spektral undersøgelse af ladningsformer af Coomassie Blue G  //  Analytical Biochemistry : journal. - 1993. - Bd. 209 , nr. 2 . - S. 258-266 . - doi : 10.1006/abio.1993.1117 . — PMID 7682385 .
  8. ↑ Compton, SJ; Jones, CG Mekanisme for farvestofrespons og interferens i Bradford-proteinassayet   // Analytisk biokemi : journal. - 1985. - Bd. 151 , nr. 2 . - S. 369-374 . - doi : 10.1016/0003-2697(85)90190-3 . — PMID 4096375 .
  9. ↑ Fazekas de St. Groth, S.; Webster, R.G.; Datyner, A. To nye farvningsprocedurer til kvantitativ estimering af proteiner på elektroforetiske strimler   // Biochimica et Biophysica Acta : journal. - 1963. - Bd. 71 . - s. 377-391 . - doi : 10.1016/0006-3002(63)91092-8 . — PMID 18421828 .
  10. ↑ Meyer, T.S.; B. B.  B. B. B. R.  250 : journal. - 1965. - Bd. 107 , nr. 1 . - S. 144-145 . - doi : 10.1016/0304-4165(65)90403-4 . — PMID 4159310 .
  11. ↑ Altschul, A.M.; Evans, WJ Zoneelektroforese med polyacrylamidgel  (engelsk)  // Methods in Enzymology  : journal. - 1967. - Bd. 11 . - S. 179-186 . - doi : 10.1016/S0076-6879(67)11019-7 . . Side 184 personlig kommunikation fra WJ Saphonov.
  12. ↑ Dizel, W.; Kopperschlager, G.; Hofmann, E. En forbedret procedure til proteinfarvning i polyacrylamidgeler med en ny type Coomassie Brilliant Blue  //  Analytical Biochemistry : journal. - 1972. - Bd. 48 , nr. 2 . - S. 617-620 . - doi : 10.1016/0003-2697(72)90117-0 . — PMID 4115985 .
  13. ↑ Neuhoff, V.; Stamm, R.; Eibl, H. Klar baggrund og meget følsom proteinfarvning med Coomassie Blue-farvestoffer i polyacrylamidgeler: en systematisk analyse  //  Elektroforese: tidsskrift. - 1985. - Bd. 6 , nr. 9 . - S. 427-448 . - doi : 10.1002/elps.1150060905 .
  14. ↑ Candiano, G.; Bruschi, M.; Musante, L.; Santucci, L.; Ghiggeri, G.M.; Carnemolla, B.; Orecchia, P.; Zardi, L.; Righetti, PG Blå sølv: en meget følsom kolloid Coomassie G-250-farvning til proteomanalyse  //  Elektroforese: journal. - 2004. - Bd. 25 , nr. 9 . - S. 1327-1333 . - doi : 10.1002/elps.200305844 . — PMID 15174055 .
  15. ↑ Steinberg, T. H. Proteingelfarvningsmetoder: en introduktion og oversigt  // Methods in Enzymology  : journal  . - 2009. - Bd. 463 . - S. 541-563 . - doi : 10.1016/S0076-6879(09)63031-7 . — PMID 19892191 .
  16. ↑ Pink, M.; Verma, N.; Rettenmeier, A.W.; Schmitz-Spanke, S. CBB-farvningsprotokol med højere følsomhed og massespektrometrisk kompatibilitet  //  Elektroforese: tidsskrift. - 2010. - Bd. 31 , nr. 4 . - S. 593-598 . - doi : 10.1002/elps.200900481 . — PMID 20162584 .
  17. ↑ Bradford, MM og følsom metode for mikromængder af proteiner  . : journal. - 1976. - Bd. 72 . - S. 248-254 . - doi : 10.1016/0003-2697(76)90527-3 . — PMID 942051 .
  18. ↑ Schägger, H.; Jagow, G. Blue native elektroforese til isolering af membranproteinkomplekser i enzymatisk aktiv form  //  Analytisk biokemi : journal. - 1991. - Bd. 199 , nr. 2 . - S. 223-231 . - doi : 10.1016/0003-2697(91)90094-A . — PMID 1812789 .
  19. ↑ Wittig, I.; Braun, HP; Schägger, H. Blue native PAGE   // Nature Protocols : journal. - 2006. - Bd. 1 , nr. 1 . - S. 418-428 . - doi : 10.1038/nprot.2006.62 . — PMID 17406264 .

Litteratur

Protokoller