Klasse III MHC er en gruppe af proteiner, der tilhører den store histokompatibilitetskompleks -klasse (MHC). I modsætning til andre typer af MHC, såsom MHC klasse I og MHC klasse II, hvis struktur og funktion er veldefineret i immunresponset, er MHC klasse III dårligt defineret strukturelt og funktionelt. De er ikke involveret i antigenbinding (en proces kaldet antigenpræsentation, en klassisk funktion af MHC-proteiner). Kun få af dem er faktisk involveret i immunitet, mens mange af dem er signalmolekyler i anden cellulær kommunikation. De er hovedsageligt kendt af deres gener, med en underregion af gener placeret mellem MHC-I- og MHC-II-klyngerne.
Genklyngen blev opdaget, da gener (specifikt komplementkomponenter C2, C4 og faktor B) blev fundet mellem klasse I og klasse II gener på den korte (p) arm af humant kromosom 6. Det viste sig senere at indeholde mange gener for forskellige signalmolekyler såsom tumornekrosefaktorer (TNF) og varmechokproteiner. Mere end 60 MHC klasse III gener er blevet beskrevet, hvilket tegner sig for omkring 28% af det samlede antal MHC gener (224). Regionen i MHC klasse III genklyngen, der indeholder TNF gener, er også kendt som MHC klasse VI eller inflammatorisk region.
I modsætning til andre MHC-proteiner produceres klasse III MHC-proteiner blandt andet af leverceller ( hepatocytter ) og makrofager .
MHC klasse III gener hos mennesker er placeret på kromosom 6 (6p21.3). Den fylder 700 kb. og indeholder 61 gener. Genklyngen er den mest genetiske region i det menneskelige genom. De ligner grundlæggende andre dyrs. Funktionerne af mange gener er stadig ukendte. Mange retrotransposoner , såsom det humane endogene retrovirus (HERV) og Alu-elementer, er grupperet. Regionen, der indeholder G11/C4/Z/CYP21/X/Y-generne, der varierer i størrelse fra 142 til 214 kb, er kendt for at være den mest komplekse genklynge i det humane genom.
MHC klasse III gener er ens hos mennesker, mus, frøer (Xenopus tropicalis) og den grå korthalede opossum, men ikke alle gener er fælles. For eksempel er human NCR3, MIC og MCCD1 fraværende i musen. Human NCR3 og LST1 er fraværende i opossum. Fugle (tamkylling og vagtler) har dog kun ét gen, der koder for komplementkomponenten (C4). Hos fisk er generne fordelt på forskellige kromosomer.